Akses ke pendidikan adalah hak dasar terlepas dari kebangsaan anak. Oleh karena itu,  meningkatkan akses terhadap pendidikan formal dan kesempatan belajar bagi anak-anak pengungsi dan pencari suaka yang menerima bantuan dari IOM merupakan prioritas utama, bagi IOM dan mitra pemerintah daerahnya termasuk kantor walikota, dinas pendidikan setempat, dan dinas pelindungan sosial. 

Selain mengadvokasi peningkatan akses ke sekolah swasta dan negeri, IOM mengadakan kegiatan pendidikan reguler untuk anak-anak pengungsi dan pencari suaka di bawah asuhan IOMmelalui homeschooling, pelajaran bahasa, pendidikan tematik, pendidikan anak usia dini, seiring dengan berlanjutnya akses ke pendidikan formal. IOM juga menyelenggarakan kelas literasi komputer dan kursus pelatihan kejuruan lainnya untuk pengungsi remaja dan dewasa. 

IOM juga mendukung pusat pembelajaran komunitas di mana relawan pengungsi dewasa (termasuk mereka yang memiliki pelatihan guru formal dari negara asal mereka) mengajar rekan-rekan mereka yang lebih muda. Mata pelajaran yang diajarkan di pusat-pusat ini meliputi kursus bahasa, matematika, sains, dan ilmu sosial. 

Untuk mendukung kohesi sosial antara pengungsi dan masyarakat tuan rumah, IOM juga mendukung kursus Bahasa Indonesia untuk pengungsi.