Di Indonesia, IOM mendukung akses ke sistem dan layanan kesehatan nasional bagi populasi pengungsi dan pencari suaka yang rentan di Indonesia. 

Dalam program-programnya, IOM memelihara jaringan layanan rujukan medis nasional yang terdiri dari klinik kesehatan lokal Indonesia, pusat kesehatan, dan rumah sakit untuk menyediakan layanan medis bagi mereka. 

Selain perawatan kesehatan fisik, IOM juga memiliki tim praktisi untuk mendukung kesehatan mental dan kesejahteraan psikososial mereka. 

Untuk meningkatkan kesadaran komunitas pengungsi  tentang kesehatan masyarakat dalam konteks migrasi, IOM juga memberikan pelatihan dan peningkatan kesadaran untuk mendeteksi dan menangani masalah kesehatan mental dan psikososial yang dihadapi oleh populasi pengungsi kepada petugas kesehatan, tokoh masyarakat, dan lembaga berbasis agama setempat, tokoh perempuan, dan guru sekolah membantu proses pemulihan.